厦门市食品药品质量检验研究院现拥有各类检验检测仪器设备800余台，总价值15566万元，其中50万以上的仪器设备资产产值达1亿元。主要有：四极杆-静电场轨道阱组合型高分辨液质联用仪、超高效液相/大气压气相双色谱串联四极杆质谱联用仪、超高效液相色谱-飞行时间质谱联用仪、电感藕合等离子体质谱仪、气相色谱-质谱联用仪、二维高效液相色谱仪、X-射线衍射仪、氨基酸分析仪、离子色谱仪、模块化智能全自动内毒素检测系统、染色体自动扫描分析系统、全自动生化分析仪等高、精、尖仪器数十台。检验检测设备满足各类标准规定的需求，确保了药品、生物制品、食品、保健食品、化妆品等检验检测的需要。